Depuis 1990

Après avoir peiné plusieurs saisons en D2, le FCSM retrouve l'élite en 2001. Ses infrastructures rénovées et une politique de formation réaffirmée lui permettent même de retrouver la Coupe d'Europe et de remporter deux coupes nationales.

Hadzibegic devant Cassard, Baudry et Weber

En 1991, le FCSM peine, les jeunes joueurs lancés dans le bain de la D1 sont moins performants qu'auparavant et la relégation est évitée de justesse. Ce sera le cas pendant quatre saisons. En 1994, le club recrute avec ambition, mais la mayonnaise ne prend pas.

C'est en crise que Sochaux aborde son 500ème match de première division, victorieux face à Cannes. Jacques Thouzery est contraint de partir. Ce sera le tour de Sylvester Takac quelques jours plus tard. Mais rien n'y fait et en fin de saison, le FCSM, bon dernier, retrouve la D2, sept ans après l'avoir quittée.

Commence alors l'une des périodes les plus difficiles du FC Sochaux. Pendant deux saisons, le club végète avant de retrouver un peu de sa superbe en 1998. L'équipe alors entraînée par Faruk Hadzibegic accroche une troisième place synonyme d'élite lors du dernier match de la saison remporté (2-1) à Martigues.

Pierre-Alain Frau

Après une saison plus que difficile en D1, Sochaux retrouve la seconde division. Après quelques erreurs de recrutement, le club met en place une gestion plus saine, moins coûteuse et fait confiance en sa jeunesse. Frau, Meriem, Pedretti ou encore Monsoreau éclosent sous la férule de Jean Fernandez, arrivé en septembre 1999.

Le club dirigé par le président Plessis construit du solide, à l'image d'un Stade Bonal ultra moderne inauguré en 2000, ou encore du Centre de Formation déplacé à Seloncourt. Si, lors de la saison 1999-2000, le club échoue d'un rien pour l'accession, la saison suivante est celle de la consécration, avec un titre de Champion de France de deuxième division.

Sochaux est alors de retour en première division avec l'ambition et la volonté de produire un jeu attrayant, de se stabiliser parmi l'élite et de progresser chaque saison. Après une huitième place en 2002, synonyme de qualification en Coupe Intertoto, l'équipe est placée sous le commandement de Guy Lacombe et termine deux fois cinquième de L1.

Mieux, le FCSM dispute deux finales de Coupe de la Ligue et remporte le trophée en 2004. Le club renoue également avec la Coupe UEFA. La première saison, Sochaux élimine le Borussia Dortmund avant de chuter avec les honneurs face à l'Inter Milan. Un an après, le club atteint une nouvelle fois les seizièmes de finale et chute face aux Grecs de l'Olympiakos, non sans avoir auparavant battu à l'extérieur le futur finaliste, le Sporting Lisbonne.

2004 et 2007 : le FCSM remporte les deux coupes nationales

Les Sochaliens écrivent en quelques saisons les plus belles pages de l'histoire du club après-guerre. Comme un symbole, soixante-dix ans après son unique succès dans la compétition, le FCSM remporte en 2007 la Coupe de France. La saison qui suit est plus difficile avec un rang d'avant-dernier à mi-saison avant d'accrocher la quatorzième place.