Arrivé au FC Sochaux-Montbéliard lors du mercato hivernal sous la forme d'un prêt en provenance du VAFC, Samy Baghdadi poursuivra l'aventure Jaune et Bleu. Avec la montée du club en Ligue 2 BKT, l'option d'achat liée à son prêt a été automatiquement levée.
Lors de son prêt au FCSM, Samy Baghdadi a disputé 17 rencontres, inscrit 3 buts et délivré 3 passes décisives.
Samy Baghdadi est désormais lié au FC Sochaux-Montbéliard jusqu'en 2027, avec une année supplémentaire en option.