Le Centre de formation du FCSM est dirigé depuis l'été 2019 par Jean-Sébastien Mérieux. La coordination du recrutement des jeunes est assurée par Raphaël Scherrer alors que le Club s'appuie sur des recruteurs situés dans différentes zones géographiques.
L'équipe réserve sochalienne, qui est dirigée par Sylvain Monsoreau depuis l'été 2019, évolue dans le groupe E (Bourgogne Franche-Comté) du championnat de National 3.
L'équipe des moins de 19 ans du FCSM, qui est dirigée par Pierre-Alain Frau depuis l'été 2018, évolue dans le groupe B du championnat de France U19.
L'équipe des moins de 17 ans du FCSM, qui est dirigée par Marc Chèze depuis l'été 2019, évolue dans le groupe C du championnat de France U17.
L'équipe des moins de 15 ans du FCSM, qui est dirigée par Éric Boniface depuis l'été 2017 (avec un passage en 2019 sur la banc de la réserve), évolue en championnat régionnal U15, le plus niveau pour cette catégorie.
L'école de football du FCSM est placée sous la direction de l'Association FCSM et utilise les infrastructures du centre de formation. Elle compte 8 équipes masculines, des U17 jusqu'aux U14.
Le football féminin au sein du Club est géré par l'Association FCSM et son école de football. Elle comprend trois équipes qui s'entraînent et évoluent sur les structures du Centre de formation à Seloncourt.