Younès Kaabouni a effectué toutes ses classes au FC Girondins de Bordeaux, avec qui il a remporté la Coupe Gambardella en 2013. Il a disputé 24 matches professionnels dont 16 en Ligue 1 avec le club bordelais qu’il a quitté en 2017 après une saison en prêt au Red Star en Ligue 2.
Le 31 janvier 2019, le Franco-Marocain s’engage avec le FCSM. Il s’entraîne et joue avec la réserve sochalienne dans un premier temps avant d’intégrer l’équipe première du FCSM à l'entraînement et de disputer deux rencontres de Domino's Ligue 2 dont une titularisation face à la Berrichonne de Châteauroux.
Younès Kaabouni a prolongé son contrat de deux saisons à l’été 2019. Il s’est imposé dans le onze sochalien et a été désigné meilleur joueur sochalien de la saison 2019/2020 malgré une blessure au genou en janvier. Il a retrouvé les terrains en cours de saison 2020/2021 et disputé 26 rencontres de Ligue 2 BKT puis 22 en 2021/2022.